Analyse factorielle SSR

Caractérisation moléculaire d’une collection de génotypes de pomme de terre

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Caractérisation moléculaire d’une collection de génotypes de pomme de terre

Caractérisation moléculaire d’une collection variétale issue de trois stations de sélection

La FN3PT et les sélectionneurs de Bretagne Plants, du Comité Nord/Sipre et de Grocep ont constitué une collection de près de 300 génotypes regroupant des variétés, du matériel spécifique des stations et des géniteurs sélectionnés à l’Inra de Ploudaniel. L’objectif est d’identifier des markers liés à la variation de la résistance quantitative au mildiou en utilisant la génétique d’association. Nous présentons ici des résultats préliminaires concernant la caractérisation moléculaire de cette collection.

Nous avons utilisé une vingtaine de marqueurs SSR dont 12 correspondent à ceux utilisés par Esnault et al (2013) Plant Genetic Resources 13:15 pour caractériser la collection de variétés conservées par l’Inra dans le Centre de Ressources Biologiques BrACySol.

Le génotypage a été réalisé sur la plateforme Gentyane. Une analyse factorielle a été réalisée à partir de la matrice de distance de DICE avec le logiciel Darwin (Perrier et Jacquemoud-Collet 2006).

4 à 21 allèles ont été révélés pour chaque marqueur. L’analyse ne montre pas de structuration évidente. Le premier et le deuxième axe de l’analyse factorielle expliquent respectivement 3.7 et 2.9% de la variation.

Le matériel est en cours d’expérimentation pour la résistance au mildiou. Nous prévoyons de réaliser une analyse combinant les résultats préalablement acquis par Esnault et al afin de positionner la diversité des collections. Un génotypage haut débit utilisant la puce SolCAP 12K développée par l’équipe de Douches et al aux Etats Unis est aussi prévue.

Ces travaux concourent à l’avancement de l’axe 2 de l’UMT InnoPlant destiné à améliorer l’efficacité d’utilisation des ressources génétiques. Ils ont été présentés lors du dernier congrès général de l’EAPR qui s’est tenu à Bruxelles en juillet 2014 (Marhadour et al 2014).

Plateforme de génotypage Gentyane 

Centre de Ressources Biologiques BrACySol

Date de modification : 30 janvier 2023 | Date de création : 04 mai 2015 | Rédaction : UMT InnoPlant