Métagénomique pour l'étiologie des symptomes complexe

Diversité microbienne associée aux symptômes atypiques d’altérations superficielles de tubercules de pomme de terre 

Contact : Karima Bouchek (FN3PT)

Les symptômes d’altérations superficielles des tubercules de pomme de terre sont divers. Certains sont provoqués par des causes connues (bioagresseurs, causes physiologiques ou environnementales) mais celles de symptômes atypiques demeurent non identifiées. Un site web a été mis en place www.potato-tuber-blemishes.com qui dresse un bilan des connaissances acquises sur les symptômes typiques d’altérations superficielles et met en avant les symptômes atypiques provoqués par des causes non encore identifiées.

Pour identifier les causes des symptômes atypiques, des approches classiques consistant à isoler et à identifier la microflore fongique et bactérienne des lésions atypiques n’ont pas été concluantes. Le programme InnoPlant² prévoit de développer une autre approche sans a priori, avec l’utilisation d’outils de métagénomique pour étudier la diversité microbienne associée aux altérations atypiques des tubercules de pomme de terre :

• Transfert des outils de métagénomique développés sur les graines sèches pour caractériser le microbiote associé aux tubercules de pomme de terre
• Application de ces outils pour une étude comparative du microbiote associé aux lésions atypiques observées sur tubercules et celui des tissus sains
• Recherche d’acteurs microbiens clés associés aux lésions atypiques
• Reconstitution d’associations microbiennes synergiques pour mesurer leur effet sur l’expression des symptômes en conditions contrôlées
• Veille sur l’effet du microbiote sur l’expression de maladies telluriques sur pomme de terre et étude sur l’opportunité de montage d’un projet collaboratif

Diversité microbienne de deux lots de pomme de terre (c) FN3PT/Rezki