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La pomme de terre fait face à de nombreux parasites non réglementés, mais très pénalisants pour les rendements et/ou la qualité des récoltes et faisant l’objet de normes rigoureuses pour la certification des plants.

Afin de préserver la qualité sanitaire des plants et du territoire et d’ajuster les méthodes de lutte, dans un contexte de développement de solutions intégrées de maitrise des bioagresseurs, limitant l’usage de pesticides et exploitant en particulier les résistances génétiques, il est important d’avoir une information actualisée sur les populations pathogènes et sur leur distribution sur le territoire.

Le programme InnoPlant² intègre des actions d’épidémiosurveillance, en ciblant en priorité les pathogènes suivants, impactant le plant mais aussi plus largement la pomme de terre :

• Phytophthora infestans (oomycète responsable du mildiou) ;
• Virus PVY et ses variants ;
• les bactéries pectinolytiques responsables des symptômes de jambe noire.

Partenaires : FN3PT et OP plants, INRAE (Rennes et Angers), ACVNPT (mildiou)

Mildiou

Contacts:   D. Andrivon

Le mildiou de la pomme de terre, causé par un oomycète Phytophthora infestans, constitue une menace importante pour les cultures de pommes de terre. Il s’adapte très rapidement aux variations de l’environnement (contournement de gènes de résistance variétale, résistance aux fongicides, évolution des traits de vie) en sélectionnant de nouveaux génotypes capables de se maintenir et de se disséminer. La connaissance et le suivi de cette évolution est primordiale et a conduit à la mise en place d’un dispositif d’épidémio-surveillance, au niveau national mais aussi international.

Symptômes foliaires de mildiou de la pomme de terre (Crédit FN3PT), plateforme et essai mildiou (crédit INRAE)

En France, le dispositif est coordonné par INRAE Igepp et implique de nombreux acteurs de la filière pomme de terre, dont pour le plant, certains partenaires de l’UMT (ACVNPT, FN3PT/OP).

L’objectif principal des travaux est, via un suivi régulier des populations nationales de P. infestans, et via l’insertion de ces données dans un cadre supra national (réseau Euroblight) de 1) comprendre les dynamiques de répartition et de changement à l’œuvre dans ces populations, 2) détecter rapidement de nouveaux génotypes potentiellement émergents et 3) identifier les moyens (types de résistance variétale par exemple) adaptés à les contenir.

Ces travaux seront conduits en particulier dans le cadre de deux projets collaboratifs: 

• IPMBlight 2.0, (2016-2019 ; http://euroblight.net/research-projects/ipmblight20/) visant à  la prédiction des changements au sein de populations de P. infestans et à leur intégration dans les outils de prévision du risque mildiou ;
• PotStaR, (2017-2020) sur la réponse adaptative des populations de P. infestans à des résistances variétales plus ou moins stables dans l’espace et dans le temps.

Virus Y

contact: L. Glais

Le PVY (Potato virus Y) est actuellement en Europe le principal virus sur pomme de terre. Le virus Y est l’une des espèces virales reconnue comme étant la plus variable en raison de sa grande capacité d’évolution de son génome.

Principales actions envisagées :

• Epidémio-surveillancesur les populations de PVY présentes dans les différentes zones de production de pomme de terre (en France et à l’étranger), avec des prospections terrain pour collecter des isolats viraux et ensuite leur caractérisation sérologique, biologique et moléculaire
• Développement ou évaluation de nouveaux outils de diagnostic de virus, dans le prolongement de la mise au point d’un outil de détection du PVY par PCR en temps réel sur les différents organes de la pomme de terre.

Virus Y de la pomme de terre : symptômes foliaires, représentation schématique du génome d’isolats PVY et détection par PCR en temps réel (crédits : Y.Le Hingrat et L. Glais)

Bactéries pectinolytiques (maladie de la jambe noire)

Contact:  V. Hélias

La maladie de la jambe noire causée par des bactéries des genres Pectobacterium et Dickeya est responsable de dégâts importants en culture de plant avec d’importances conséquences économiques. Les études antérieures ont mis en évidence une évolution importante dans la composition et la diversité du complexe bactérien impliqué dans la maladie.

Les actions proposées dans le programme visent à poursuivre et consolider ces travaux avec :

• des prospections annuelles de terrain permettant la constitution d’une collection de souches bactériennes de Dickeya et Pectobacterium;
• une caractérisation du complexe d’espèces bactériennes associées aux symptômes de jambe noire par typage phénotypique (caractérisation biochimique, étude du pouvoir pathogène) et génotypage via des gènes marqueurs et séquençage total,
• le développement d’outils de détection adaptés et spécifiques des espèces à risque et le transfert de ces méthodologies vers les laboratoires de certification.

Prospections en parcelles, symptômes de jambe noire et isolement des bactéries pectinolytiques sur le milieu semi-sélectif  CVP  avant caractérisation  (photos : V. Hélias)